Скорее всего данная ЭП была скопирована с одного носителя на другой, при этом первый носитель использовался на данном ПК.
Как обойти:
в «КриптоПро» нужно выбрать «Сервис – Удалить запомненные пароли» и удалить информацию об использованных съемных носителях.
P.S. При установке «КриптоПро» можно сразу отменить пункт «Сохранять информацию об использованных съемных носителях» или сделать это потом в закладке «Безопасность» (Программа «КриптоПро» должна быть запущена с правами администратора):
